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进行氨基酸合成前要解决的基本问题是获得以易于利用的形式存在的氮元素。这一过程在生物圈中主要由具有固氮能力的微生物将惰性的氮分子还原成两个氨分子来完成。微生物可利用三磷酸腺苷及具有强还原性的已还原了的铁氧化还原蛋白来将氮分子还原为氨分子，而固氮酶中的铁钼簇合物能催化氮的固定。已固定的氮在微生物体内中以胺类化合物的形式存在。较高级的生物耍依靠摄入微生物固定的氮来合成氨基酸。微生物固定的氮是所有氨基酸中的氮的来源。

在氨基酸合成过程中要攻克的主要问题之一是立体化学控制（stereochemical control）。由于所有氨基酸中除甘氨酸外其余都是不对称的，所以通过生物合成途径必须能以高度选择性产生是两种互为对映异构物的氨基酸中正确的一种。在各种氨基酸合成途径中，α-碳原子上的立体化学性质都是由一种有磷酸吡哆醛参与的转氨反应产生的。几乎所有催化转氨反应的转氨酶的基因都遗传自同一祖先。

氨基酸的生物合成途径在很大程度上是被限制的，仅当供应短缺时才会合成。氨基酸合成中高浓度的代谢最终产物（亦即合成的氨基酸）往往会抑制在该途径前期起作用的酶的活性。一般可以对某种氨基酸浓度感知并作出应答的酶为对应氨基酸的变构酶。这类酶在功能上与天冬氨酸转氨甲酰酶及其调节酶相似。反馈及变构机制保证了合成蛋白质、生物碱等物质及其他过程中需要的氨基酸的量都能保持在较充足而不过量的水平。

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