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线粒体基质（mitochondrial matrix）是线粒体中由线粒体内膜包裹的内部空间，其中充满无定形液体，含有参与三羧酸循环、脂肪酸氧化、氨基酸降解等生化反应的酶类。其中，苹果酸脱氢酶是线粒体基质的标志酶。线粒体基质中的某些酶系组成网状结构，与线粒体内膜内侧有一定的连接，利于上述酶促反应所形成的NADH转移至内膜的电子传递链中。除各种可溶性酶外，线粒体基质还含有线粒体自身的DNA（即线粒体DNA）和核糖体（粒线体核糖体）。
线粒体基质中每1μL的水溶解了约1.25mg的蛋白质，而细胞质基质中每1μL的水溶解了约0.26mg蛋白质，所以线粒体体基质较细胞质基质黏稠。虽然已知线粒体内膜含有可调节水分子转运的水通道蛋白，线粒体维持内膜两侧的渗透平衡的方式仍不明晰。
粒线体基质中的蛋白质可统称为“粒线体基质蛋白质”，这些蛋白质除少数在粒线体基质中合成外，绝大多数由细胞质基质中的游离核糖体转译产生的，这些在线粒体外合成的蛋白转运过程十分复杂：前体蛋白在游离核糖体上释放后，在细胞质分子伴侣Hsp70辅助下解折叠，然后通过蛋白质N端的转运肽跟粒线体外膜上的受体蛋白识别，在受体上或受体附近的内外膜接触点处利用三磷酸腺苷（adenosine-triphosphate，缩写为“ATP”）水解产生的能量驱动前体蛋白进入转运蛋白的运输通道，然后由电化学梯度驱动穿过粒线体内膜、进入线粒体基质。在线粒体基质中，前体蛋白继续由mHsp70继续其解折叠状态，直至Hsp60对其进行正确折叠。在折叠后，转运肽酶切除蛋白末端的转运肽，线粒体基质蛋白质最终成熟，在线粒体基质中发挥作用。
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此次飞行经由白宫军事办公室主任路易斯·卡尔德拉批准，是为更新飞机飞过拉什莫尔山的图像。国土安全顾问对乔治·布什说，此次飞行的考虑很不周全（"crass insensitivity"）。她还说，“我会把这称之为愚蠢，如果卡尔德拉先生不了解纽约市众多人民的可能反应，那么他可能不适合做这份工作。”。纽约市市长迈克尔·布隆伯格称此次飞行“蔑视想象力”。纽约市参议员查克·舒默说，美国联邦航空管理局未事先告知公众此次飞行，是一个限于愚蠢或者非常愚蠢的问题。总统奥巴马在事件发生后才了解到此次飞行，他说：“这是一个错误，我们和你们所有人一样刚刚发现它。这不会再发生。”虽然市警察局得到了事先通知，但他们被告知不要告诉公众。
卡尔德拉就此次行动说：“上个星期，我批准了在纽约的一次任务。我为此决定负责……虽然联邦当局采取了适当措施通知纽约州和新泽西州的州和地方当局，但很显然，任务造成了混乱。我为此次飞行造成的任何麻烦道歉并承担责任。”
CBS新闻纽约市附属机构WCBS-TV从美国联邦航空管理局的James Johnston得到了一份备忘录，其中说该机构意识到美国国防部低空飞行计划引发该城市及周围的公众关注的可能性。该机构要求市警察局、特勤局、联邦调查局以及市长办公室完全保密，并威胁说如果泄露此秘密将受到联邦制裁。
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