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对于Functional genomics，代谢组学可以是确定基因操作引起的表型的优秀工具，如基因的删除或插入。有时，这本身可能是一个充分的目标 - 例如，检测旨在用于人类或动物消费的转基因植物中的任何表型变化。 通过与已知基因的缺失/插入引起的代谢扰动进行比较，预测未知基因功能的前景更加令人兴奋。
与基因组学和蛋白质组学相比，代谢组学的研究侧重于相关特定组分的共性，最终是要涉及研究每一个代谢组分的共性、特性和规律，目前据此目标相距甚远。尽管充满了挑战，研究人员仍然坚信，与基因组学和蛋白质组学相比，代谢组学与生理学的联系更加紧密。疾病导致机体病理生理过程变化，最终引起代谢产物发生相应的改变，通过对某些代谢产物进行分析，并与正常人的代谢产物比较，寻找疾病的生物标记物，将提供一种较好的疾病诊断方法。
环境代谢组学是应用代谢组学来表征生物体与其环境的相互作用。这种方法在研究生物-环境相互作用和评估生物体功能和分子水平方面具有很多优点。因此，代谢组学正在越来越多的应用在环境科学领域，从理解有机体对非生物压力的反应到调查生物对其他生物群的反应。这些相互作用可以从个体到人群进行研究，这可以与生态生态学和生态学的传统领域相关，从瞬时效应到进化时间尺度的影响，后者可以进行遗传适应研究。
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