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HMB通过肾脏消除，大约10-40％的摄入剂量在尿中排泄不变。其余60-90％的剂量保留在组织中或作为HMB代谢物排出。给药剂量的尿中排泄的HMB的分数随着剂量的增加而增加。
HMB的代谢由未转化酶催化转化为β-羟基β-甲基丁酰-CoA（HMB-CoA）。 HMB-CoA被烯酰-CoA水合酶或另一种未表征的酶代谢，分别产生β-甲基巴豆酰-CoA（MC-CoA）或羟甲基戊二酰-CoA（HMG-CoA)。然后通过甲基巴豆酰辅酶A羧化酶将MC-CoA转化为甲基戊烯基-CoA（MG-CoA），其随后通过甲基戊烯酰-CoA水合酶转化为HMG-CoA。然后HMG-CoA被HMG-CoA裂解酶切割成乙酰-CoA和乙酰乙酸，或用于通过甲羟戊酸途径产生胆固醇。
HMB通过L-亮氨酸（一种支链氨基酸）的代谢在人体内合成。在健康个体中，大约60％的膳食L-亮氨酸在数小时后代谢，大约5％（2-10％范围）的膳食L-亮氨酸转化为HMB。绝大多数L-亮氨酸代谢最初是由支链氨基酸转氨酶催化的，生成α-酮异己酸盐（α-KIC）。 α-KIC主要由线粒体酶支链α-酮酸脱氢酶代谢，后者将其转化为异戊酰-CoA 。异戊酰-CoA随后被异戊酰-CoA脱氢酶代谢并转化成MC-CoA，其用于乙酰-CoA和其他化合物的合成。在生物素缺乏期间，HMB可以通过烯醇-CoA水合酶和未知的硫酯酶从MC-CoA合成，其分别将MC-CoA转化为HMB-CoA和HMB-CoA成为HMB。 相对较少量的α-KIC在肝脏中被胞内酶4-羟基苯基丙酮酸双加氧酶（KIC双加氧酶）代谢，该酶将α-KIC转化为HMB。在健康个体中，这种次要途径 - 涉及将L-亮氨酸转化为α-KIC，然后是HMB-是HMB合成的主要途径。
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