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台湾丰玉姬鳄的模式标本由六件化石组成,保存部位原先鉴定包括牙齿(NSMT-P-9121)、额骨(NSMT-P-9122)、顶骨(NSMT-P-9123)、上颔骨(NSMT-P-9124)、前段与中段齿骨(NSMT-P-9125、NSMT-P-9126)。但经过后续比较,台湾丰玉姬鳄原先被辨识为额骨的部位(NSMT-9122)其实包含前额骨,顶骨(NSMT-P-9123)其实属于另一较小个体的额骨,前段齿骨(NSMT-P-9125)实际保存部位为齿骨的中段。
鹿间在命名「台湾马来鳄」时认为其相当近似于待兼马来鳄(待兼丰玉姬鳄),两者差异在于台湾长吻鳄的吻部较为细长,上颔骨和鼻骨间的缝合线较不明显,牙齿大小较大且牙间隙较明显,顶骨非常狭窄,眼窝形状有明显角度;且基于眼窝间的形态比较,鹿间认为台湾长吻鳄比起恒河鳄更近似马来长吻鳄,且和待兼马来鳄与欧洲第三纪的马来鳄属化石应有著更近的关系。然而,经过重新检视后,这些特征皆不符合原始叙述或无法辨识,故此物种的原始辨识特种是存疑的。
2023年的研究显示,「台湾马来鳄」的眼窝形态皆和已知的丰玉姬鳄标本、澎湖鳄和韩愈鳄的标本吻合,其前额骨的后外侧边缘向内弯曲,眼窝边缘仅有些微但不明显的隆起,和现生马来鳄前额骨后外侧边缘为线性且眼窝有明显隆起的形态截然不同。同时,台南的标本和日本的待兼丰玉姬鳄在上颌骨内侧咬合坑的位置上存在差异,台南的标本(包括NSMT-P-9122和WU-HPAC-D 007)在上颌前部(第2-7颗)附近存在内侧的咬合坑,这些内侧咬合坑的位置在待兼丰玉姬鳄上颔部的位置更靠后,约出现于第8-13颗牙齿之间。新研究因此根据以上特征将台湾马来鳄归为丰玉姬鳄属,并更名为台湾丰玉姬鳄,且由于早稻田标本(WU-HPAC-D 007)和模式标本(NSMT-P-9122)之间不存在明确形态差异甚至可能来自同一地层,WU-HPAC-D 007也被归为台湾丰玉姬鳄。另外,台湾丰玉姬鳄(WU-HPAC-D 007)在第7齿槽的位置有明显突出的扩张,和待兼丰玉姬鳄的吻部轮廓相符,不同于中华韩愈鳄和潘氏澎湖鳄相对平缓扩张的吻部轮廓。
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