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分支学科包括分子群体遗传学、谱系生物地理学、生态基因组学、景观遗传学、系统发生群落生态学等。

由于很多微生物不能很容易地在实验室中培养（海水中的0.001~0.1%，土壤中的0.3%左右，活性污泥中1~15%可被分离培养），因此不能用传统的鉴别和描述菌株的办法研究它们。另外，随著聚合酶链式反应(PCR)技术的发展，人们可以快速扩增遗传物质DNA。

环境样品中DNA的扩增通常需要一组用于特定微生物的引物，而得到遗传物质的混合物，将其分离，随后进行测序和鉴别。经典的分离办法是通过克隆，将扩增的DNA片段插入到细菌质粒上实现的。较新的方法包括变性梯度凝胶电泳(DGGE)，可以更快地得到结果。

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沙河是云南省金沙江水系普渡河的一条支流，发源于昆明市西郊玉案山，向南流经明朗水库，进入安宁市后折向西南方，西循洛阳山北至安宁市区东南部大菜园村附近注入螳螂川。沿河有桥头村、糍粑铺、葡萄桥、小桃花、大桃花、大罗白菜园、大罗白石梯坝等7座拦河坝。流域面积88.94平方千米（包括明朗水库46平方千米），全长14.05公里，河床平均坡降5%，年平均径流量0.158亿立方米。

为了缩短滇池草海的换水周期，提高滇池水体的流速，改善草海水质，1996年建成了穿越西山的西园隧洞，使沙河成为滇池的一个泄洪出口。

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