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假结结构很难被计算生物学的检测手段查出,因为其对所在环境相当敏感,且具有「重叠的」本质。假结结构的碱基对的嵌入较差,即碱基对与其他的碱基对有一定重叠。这使得通过标准的动态规划方法对RNA序列中可能存在的假结结构的预测变得更加困难。动态规划通过一个递推记分系统来确认配对的茎结构,因而很难测出非嵌入的碱基对。更新的随机上下文无关文法也面临相同的问题。因此,像 Mfold和 Pfold这样的流行的二级结构预测方法并不能预测出目标序列中的假结结构。它们只能确认更稳定的假结结构中的两个茎。
可以通过动态规划的方法确认某些类型的假结结构,但这类方法不够详尽,而且在作为序列长度的函数时与进行与假结无关的算法时测量表现较差。一个困扰许多预测最低的自由能的方法的问题是NP完全。
一些重要的生物学过程依赖于RNA分子形成的假结结构,这类RNA通常具有复杂三级结构。比如,RNA酶P的假结结构就是在进化过程中最保守的区域之一。端粒酶RNA的假结结构对其生物学活性亦至关重要,另外,几种病毒使用假结结构形成一个类似tRNA的结构模体,以侵入宿主细胞。
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RNA诱导沉默复合物(RNA-induced silencing complex,缩写:RISC),是在RNA干扰技术中起作用的重要物质。一定数量的外源性双链RNA(dsRNA)进入细胞后,被类似于核糖核酸酶Ⅲ的Dicer酶切割成短的21~23bp的双链小干扰RNA(siRNA),siRNA与解旋酶和其它因子结合,形成RNA诱导沉默复合物(RISC)。激活RISC需要一个依赖ATP的将小分子RNA解双链的过程。激活的RISC通过碱基配对定位到同源mRNA转录本上,并在距离siRNA 3'端12个碱基的位置切割mRNA。切割的机制尚不明了,但每个RISC都包含一个siRNA和一个不同于Dicer的RNA酶。因此,siRNA能够以序列同源互补的mRNA为靶点,通过促使特定基因的mRNA降解来高效、特意地阻断体内特定基因表达,诱发细胞呈现出特定基因表达降低表型。
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萨巴捷原则(Sabatier principle)由法国化学家保罗·萨巴捷于1920年提出,指的是在催化反应中,催化剂和反应物种之间的相互作用既不要太强,也不能太弱。如果作用太强,反应产物难以脱附,如果作用太弱,反应物种难以和催化剂结合。
萨巴捷原则可以通过反应速率随反应物在催化剂表面上的吸附热的变化作图表现,这种图一般都呈三角形或抛物线形,一般称之为火山图。类似的,针对两种不同的性质,如对二元反应的两种反应物的吸附热,可以做出三维图,此时该图通常被称为火山表面图。
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