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1947年毕业于国立中央大学农学院农业化学系，当年在北京大学农学院任助教。1949年任中国科学院生理生化研究所助理员、助理研究员。20世纪50年代开始，彭加木参加科学院综合考察委员会的工作，十余次进入新疆协助建立科研基地，后筹建中国科学院新疆分院，为新疆的研究起到巨大的推动。1961年任中国科学院上海生物化学研究所副研究员、研究员。1979年兼任中国科学院新疆分院院长。主要从事植物病毒研究及防治工作。
1980年5月，彭加木率队考察罗布泊，首次成功自北向南纵穿罗布泊干涸湖底。考察队缺水、缺油。6月17日，彭加木不顾个人安危，独自去寻找水源，并留下字条：
后其不幸迷途，可能葬身罗布泊。实践了他早年的誓言：「我准备用自己的骨头，让新疆的土壤多添一点有机质。」往后，一直未找到彭加木的踪迹。对他的失踪，全国曾风传过各种说法和猜测。多年来，官方和民间曾多次发起寻找，均一无所获。
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