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微生物生态学中和分子技术相关的一个重要问题就是，这些生物以主动（进行正常代谢和繁殖）还是被动（静息休眠）的方式存在。这可以用几种方式来解决：
* 用荧光原位杂交(FISH)对环境中包含特定基因的细胞进行检测和计数。
分子生态学开始于1950年代。是随着DNA双螺旋结构的发现，分子水平的群体遗传学研究得以开展，相继出现了同工酶电泳、限制性内切酶酶切技术、分子克隆和DNA测序技术等，使遗传变异研究得以实现, 并可以在群体水平进行检测。分子进化的中性理论的提出，引发了适应性进化和中性进化的争论，推动了群体遗传学和分子进化研究，分子钟假说的提出和谱系进化关系重建理论、方法、算法和软件的出现, 进一步促进了分子进化和分子群体遗传学研究的发展。
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酶和底物之间的大接触面积赋予了特异性。由于只有一个或两个口袋结合底物侧链的浅结合裂口，蛋白酶（如胰蛋白酶）对断裂键前后的一个残基具有特异性。相反，病毒蛋白酶（如TEV蛋白酶）有一个长的C端，它完全覆盖底物以形成结合隧道。该隧道包含一组紧密的结合口袋，这样底物肽的每个侧链（P6到P1'）都结合在一个互补位点（S6到S1'）。
特别是，肽侧链P6-Glu接触三个氢键网络；P5-Asn指向溶剂，没有特定的相互作用（因此在这个位置没有底物共识）；P4-Leu被埋在疏水袋中； P3-Tyr位于末端带有短氢键的疏水袋中；P2-Phe也被疏水物包围，包括三联体组氨酸的表面；P1-Gln形成四个氢键；并且P1'-Ser仅部分封闭在浅疏水凹槽中。
这种蛋白质的主要用途之一是从纯化的重组融合蛋白中去除亲和标签。使用TEV蛋白酶作为生化工具的原因是其高序列特异性。当偏好序列插入柔性环时，这种特异性允许蛋白质的受控切割。它还使其在体内相对无毒，因为识别的序列几乎不存在于蛋白质中。
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