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18世纪时，自学的植物学家和牧师Gotthilf Heinrich Ernst Muhlenberg首次纪录到牟氏水龟。Muhlenberg命名了150多种北美植物，当时正在对宾夕法尼亚州兰开斯特县的植物群进行调查，结果发现了这只小乌龟。1801年，Johann David Schoepff以Muhlenberg的名将这只乌龟命名为Testudo muhlenbergii。
1829年，Richard Harlan将之更名为Emys muhlenbergii，到了1857年，牠被Louis Agassiz改名为Calemys muhlenbergii ，1906年由Henry Watson Fowler改名为Clemmys muhlenbergii。牠尚有其他名字，包括1824年Thomas Say在费城附近命名的Emys biguttata，与1917年Dunn在北卡罗来纳州Linville附近纪录的Clemmys nuchalis。今天，牟氏水龟在英文有各式各样的名字，包括泥龟（mud turtle）、沼泽龟（marsh turtle）、黄头龟（yellowhead）与鳄龟（snapper）等，但中文名字仍以牟氏水龟为主。
在2001年以前，牟氏水龟和木雕龟Glyptemys insculpta一直属于Clemmys属，同样归在此属的还包括星点水龟（C. guttata）和石斑龟（C. marmorata）。核苷酸序列分析和核糖体核糖核酸分析显示，牟氏龟和木雕龟密切相关，但都与星点水龟无直接关系，于是牟氏龟和木雕龟于2001独立成一属，属名为Glyptemys。
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