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早期对于球囊菌门的研究多半著重在其型态及土壤中、菌根内外孢子堆的构造「球囊菌门」的概念最早是在原囊霉属（Acaulospora）及Gigaspora两个属被提出，并和接合菌门Endogonaceae下的Glomus属共同被提升为科，合为球囊霉目（属于接合菌门）。1998年Cavalier与Smith提出「球囊菌纲（Glomomycetes）」的概念，并将球囊霉目归入其中（仍属接合菌门）。后来经Schüßler对该目下部分物种小亚基rRNA（SSUrRNA）的分析发现球囊菌目可自组一个门，便将其由接合菌门移出，新成立「球囊菌门」，又因发现有能产生类似球囊霉目孢子的种类应该属于另一个更分歧的种系，而新增了类球囊霉目（Paraglomerales）、原囊霉目（Archaeosporales）与多孢囊霉目（Diversisporales）三个目，与念珠藻（Nostoc punctiforme）形成丛枝菌根的Geosiphon pyriformis即属于原囊霉目。

现在的分类即是透过分子生物学的分析，不断修正才定出的。对于本门物种的分类研究尚未完成，有待继续研究，例如有些研究认为Glomus属下的许多物种应被分到其他科或属比较合适。

有研究分析各种真菌rDNA的序列，发现球囊菌门在演化上是双核亚界的姊妹群。

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训练的方法各有不同。尽管有些训练方式被普遍地认为有效，但多种方法的组合效果研究至今阙如。既能适应不同人群，也能适应不同年龄的通用方法是不存在的。相对地，训练者需要时常调整训练方式以适应其条件。在某些文化环境中，如厕训练从出生后不久便开始了；但在大多数发达国家中，如厕训练往往从18个月到两周岁时才开始，而大多数儿童在四岁时才真正掌握如厕能力。即使如此，很多儿童也会偶尔遭遇如厕失败的意外事件。

某些特定的行为或生理失调状态会影响如厕训练的效果，且会延长训练的时间，增加训练者所需要投入的精力。在特定条件下，如厕训练甚至需要医学专家的专业介入指导。但这种情况极少发生，纵使某些儿童在训练中遇到了这些问题，他们中的绝大多数依然能成功学会如厕。

在训练的过程中，儿童有可能面临滑倒或从厕位上跌落等问题，而如厕训练在某些情况下也会成为虐待儿童的导火索。有鉴于此，与如厕训练相关的技术也被开发出来，既有通用的，也有针对某些情况的专用技术。

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