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1922年回国担任国立东南大学(1928年改名国立中央大学,1949年改名南京大学)生物系教授,1926年起担任清华大学生物系教授兼系主任,1927年任北京师范大学生物系教授,1928年任中央大学教授。1929年至1937年担任清华大学生物系教授兼系主任,1938年至1946年担任西南联合大学教授,1946年起复任清华大学生物系教授兼系主任,其间曾于1947年兼任联合国教育科学文化组织中国委员会第一届委员。1948年,当选为中央研究院第一届院士。
1949年中华人民共和国成立后,他续任于清华大学生物系。1952年清华大学生物系并入北京大学,他担任合并后的北京大学生物系教授,并兼任中国科学院动物标本工作委员会主任委员。1953年起担任中国科学院动物研究室主任,1955年获选为中国科学院院士(学部委员),1957年动物研究室改制为动物研究所,由他担任所长。同年11月病逝于北京。
他长期投入于金鱼遗传与变异、动物行为学、生物学史等研究工作,是中国较早的现代生物学者及教育家,也是中国动物遗传学的创始人。
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原为越智寅一氏干事的「劝业协会」的办公室,其主要工作是配合其对面之台南市役所(今 永福国小)的政令,开发不动产、劝导企业家,以及做金融融资、担保等工作。1945年战后,由叶南辉医师取得,作为别墅使用。1950年,转让予孙金宽。之后曾一度借给连震东,作为国民大会代表选举事务所。
2014年10月,其所有权人曾有意将此建筑拆除,经台南市文化局协调后,于隔月将其列为暂定古迹;并在2016年指定为历史建筑。
永福路孙宅为一独栋两层楼建筑,四周设有围墙,并留设庭院,通风采光良好。其各部开窗、角隅凸窗作法、屋顶、屋簷作法特别。大门柱与沟面砖、石宫灯等保存良好,具建筑史研究价值。其用途因为由办公室转为住宅使用,后来在北侧另设置厨房及浴室。
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