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在计算生物学中,N50和L50是Contigs(重叠群)或脚手架长度的统计值。N50的计算方式类似于平均值或中位数,但是对长Contigs的权重更大。这种方法广泛运用于序列组装中,特别是在参考组装草稿内的Contigs长度中。这种度量常被用来描述基因组装配(有时还有其他装配)的“完整性”。但它的本质是告诉你一些关于Contigs长度分布的信息。
N50根据连续性定义装配质量。按照序列长度的顺序排列你的集合中的所有Contigs。首先是最长的Contigs,然后是第二长的Contigs,最后是最短的Contigs。然后,从一开始累加所有Contigs的长度,这样您就可以得到最长的Contigs+第二长的Contigs+第三长的Contigs,以此类推,直到达到占总装配长度50%的数字,即为N50。N50可以近似的看作分布质量一半的点:比N50长的所有Contigs的碱基数于比N50短的所有Contigs的碱基数在数值上是接近的。
L50定义为,在给定一组Contigs的情况下,长度总和占基因组大小一半的最小Contigs数。
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姜成林教授是国内外著名的放线菌研究专家,在放线菌资源研究方面做了大量工作,在学术研究上取得了丰硕的成果。其中,放线菌里就有一个新属用他的姓氏命名,Jiangella.
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1815年生于佐治亚州丹尼尔斯维尔,早年就读于当地一所私立中学,学习优异。14岁进入阿森斯富兰克林学院,5年后成为文学硕士。毕业后回丹尼尔斯维尔成为老师,并从师于乔治·R·格兰特医生。后来朗短暂就读于肯塔基州列星顿的特兰西瓦尼亚医学院,一年后进入费城宾夕法尼亚大学。在那儿结识了乔治·伍德·贝尔斯。1839年毕业于宾夕法尼亚大学。之后在纽约学习一年外科,回到佐治亚杰弗逊镇行医。
1842年3月30日,朗在杰弗逊镇使用乙醚浸湿的毛巾让病人詹姆斯·维纳布尔吸入,成功切除了其颈部的直径1.5英寸的肿瘤。维纳布尔在手术中没有感到疼痛,3月30日因而被定为医师节。
1851年赴阿森斯,在那儿度过晚年,期间恰逢美国南北战争,朗加入过南军军队。
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