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早期有研究指人类冠状病毒NL63与229E病毒序列的相似度为65%，与猪流行性腹泻病毒（PEDV）的相似度为61%，但其膜蛋白（M）基因3端的部分序列与PEDV较为相似，显示NL63病毒演化的早期可能与PEDV病毒在该区域发生了重组。分子钟分析显示NL63病毒与229E病毒在距今约1000年前从共同祖先分支，随后NL63病毒又渐分成两大演化支，但两演化支间又因感染同一宿主而多次发生重组。不过2009年，有研究发现蹄蝠属蝙蝠中的冠状病毒与229E病毒的亲缘关系，比后者与NL63病毒的关系更为接近，两者可能在距今约200多年前才由共同祖先分支；2010年有研究人员在美国Perimyotis subflavus体内发现了一种新型冠状病毒Appalachian Ridge CoV（ARCoV.2），此病毒与人类冠状病毒NL63亲缘关系接近，分子钟分析显示两病毒可能在距今563—822年前由共同祖先分支，NL63病毒并可在三色蝠肺细胞株中复制增殖。这些研究显示NL63病毒与229E病毒可能是分别自不同蝙蝠病毒演化而来。

2017年又有研究团队在肯亚波斯叶鼻蝠属蝙蝠Triaenops afer体内发现BtKYNL63-9a、BtKYNL63-9b与BtKYNL63-15等三种与NL63病毒关系接近的病毒，合称NL63样蝙蝠冠状病毒，这些病毒株与NL63病毒的关系比ARCoV.2与其的关系更接近。相较于NL63病毒仅编码ORF3一个辅助蛋白，NL63样蝙蝠冠状病毒在基因组的最3端（衣壳蛋白下游）尚有一开放阅读框ORFx编码另一辅助蛋白。另外NL63病毒的刺突蛋白基因可能曾与某种229E样蝙蝠冠状病毒发生重组，其序列与229样病毒较为接近，与NL63样病毒关系较远。

在温带国家，人类冠状病毒NL63的感染在冬季较为流行，但在其他国家则不一定，例如在中国此病毒感染的高峰为春季与夏季。人类冠状病毒NL63与严重急性呼吸道综合症冠状病毒（SARS病毒）皆使用血管紧张素转化酶2（ACE2）为受体感染细胞，但前者造成的症状轻微许多，有研究显示前者的刺突蛋白和ACE2受体的结合力较后者为弱，可能为其症状轻微的原因之一。NL63病毒的感染症状与两种较早发现、亦造成普通感冒的冠状病毒（人类冠状病毒229E与人类冠状病毒OC43）相似，主要感染儿童与慢性病患者，大多仅造成上呼吸道感染，症状包括咳嗽、流鼻水与发烧等，但有时会造成Bronchiolitis等较严重的下呼吸道感染。另外有研究认为此病毒可能会在儿童造成哮吼，还有研究认为此病毒与川崎氏病有关，但也有学者持反对立场。

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