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* Protein Structure Initiative（Protein Structure Initiative, PSI）：1999年由美国国立卫生研究院(NIH)发起，在美国设立了九个结构基因组研究中心，目标是十年（2001年－2010年）解析10000个蛋白质的三维结构，目前第一期计划PSI-1(1999年-2005年)已结束。在2006年开始的第二期计划，PSI-2，重点是实施在PSI-1中开发了高通量的结构确定方法，以及同源建模(Homology modeling)和解决诸如膜蛋白质建模的瓶颈。第三期计划，PSI:生物学，始于2010年，并且由研究人员的网络来运用高通量结构测定研究广泛的生物学和生物医学问题。
* 欧洲结构蛋白质组计划（Structural Proteomics in Europe, SPINE）：2002年启动，第一轮计划（2002年－2006年）由欧盟第五框架计划资助，共完成了308个新的蛋白质结构的测定；第二轮计划（SPINE2-Complexes）由第六框架计划资助，致力于解析蛋白质复合物的三维结构。
* 蛋白质3000计划：2002年-2006年，由日本文部科学省启动，目标是在５年内了解3000个与新药开发相关蛋白质的结构和功能，并且尽可能多地获得专利。计划将由政府系统的理化研究所和国立大学具体实施，核心单位是理化学研究所设在横滨的基因组科学研究中心。为了实现计划目标，日本将把解析蛋白质功能的核磁共振装置从现有的20台增加至40台，设在兵库县播磨科学城的大型辐射设备“SPring-8”同步加速器也将成为主要的解析工具，用于分析蛋白质的三维结构。为实施该计划，文部科学省还在谋求同制药公司合作，以帮助它们获得有关专利，开发基因药物。
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