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表面增强拉曼光谱的确切机理仍然在争论中。有两种机理基本不同的理论，实验中仍无法准确地区分它们。电磁理论提出机理是局部表面等离子体的激发，而化学理论提出是电荷转移配合物的形成。化学理论仅适用于表面已形成化学键的物质，所以不能解释所有观察到的增强信号，而电磁理论可以应用于试样只是物理吸附在表面的情况下。最近的研究表明，当激发分子远离承载金属纳米颗粒的表面，导致表面等离子体现象时，表面增强拉曼现象也可以发生。这一观察有力支撑了表面增强拉曼光谱的电磁理论。2015年对表面增强拉曼光谱更强大的扩展技术——多相和多成分超灵敏表面增强拉曼散射（Slippery Liquid-Infused Porous SERS (SLIPSERS)）的研究进一步支持了电磁理论。
当特定表面的电场加强时，物质吸附在该平面上的拉曼光谱的强度会增加。当一束光打至金属表面，被击中的金属表面将会激发出电浆子。另外，只有当电浆子的震动方向与金属表面垂直时才会发生拉曼散射；反之，拉曼散射不会发生。因此，表面增强拉曼光谱(SERS)实验需要使用粗糙的金属表面或者使用经过排列的纳米微粒(nano-particle)才能有效地加强拉曼光谱。
银纳米棒制备的表面增强拉曼光谱的底物被用于检测低丰度的生物分子的存在，因此可以检测体液中的蛋白质。该技术已用于检测尿素和游离在人血清中的血浆标签，并且可以成为癌症检测和筛选下一代技术。表面增强拉曼光谱具有的分析纳米尺度混合物的组成的能力，使其应用于环境分析、药学、材料科学、艺术和考古研究、法医学、药物和爆炸物检测、食品质量分析和单藻类细胞的检测。表面增强拉曼光谱与等离子体传感结合，可用于生物分子相互作用的高灵敏度的定量检测。
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羧酶体可分为α与β两型，前者存在α型蓝菌、硝化菌、硫氧化菌与紫细菌中，后者则存在部分蓝菌中，两者外观相似，但组成的蛋白种类有异，其组成细节、组装机制可能也有差异，经分析外壳蛋白的序列显示两型的羧酶体应是独立演化产生的。
α型羧酶体又称cso型羧酶体，其中的RuBisCO为IA型，为最早被纯化、研究的细菌微区室。此类羧酶体的直径约为100至160奈米，BMC-H的种类为CsoS1A、B、C等，BMC-P的种类为CsoS4A、B等，BMC-T的种类则为CsoS1D。
β型羧酶体的体积一般大于α型羧酶体，其直径约为200至400奈米，其中的RuBisCO为IB型。此类羧酶体中的蛋白由Ccm基因编码，其BMC-H为CcmK、BMC-P为CcmL，BMC-T则为CcmO，其组装为由内至外，即内部的酵素先组装后，再被外部的结构蛋白包裹。
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