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类似于癌基因的研究，抑癌基因的分离和鉴定也相当困难，进程缓慢。绝大多数的抑癌基因，如Rb1，APC和p16,是从单基因控制的遗传性（家族性）肿瘤综合症病例中发现的。这些研究通常需要相对完整的家族史和长达数十年，甚至百年的累积病例记录 。但人类90%以上的肿瘤属于散发性，即该类肿瘤的发生由多种基因和环境因素共同控制的。按照“两次突变学说”，对此类肿瘤的研究，则不得不依赖耗时费力的DNA缺失和染色体定位研究。由于病人染色体上存在着大量的非特异性改变和与肿瘤无关的随机性丢失，精确的抑癌基因染色体或遗传定位是分离这些相关基因的先决条件。但对于那些由于非遗传性的改变而失去功能的抑癌基因，从肿瘤标本中直接检测DNA或染色体缺失，进而寻找它们的位置，收效甚微。因此，在动物体内验证相关基因存在的功能性或替代性实验常为确定抑癌基因的最关键证据。
随着人类基因组计划DNA测序工程的完成和电脑信息技术的应用，抑癌基因的分离和鉴定工作近年来明显加快。截止2011年，已被证实，或正在被验证的抑癌基因已超过百个。随着研究的不断深入，现已明确抑癌基因几乎涉及到细胞生命活动的所有领域。这些基因除为细胞周期（cell cycle）增殖过程中的重要调控因子外，也参与多个生理信号的传导（signaling transduction），控制肿瘤的转移和血管生成及DNA的损伤和修复等。最新的研究也表明，抑癌基因也参与干细胞和癌症干细胞的扩增，分化调控过程。
大多数抑癌基因都是在发达国家常见的肿瘤中得到验证的，这些肿瘤包括肺癌，肠癌，乳腺癌等。散发性肿瘤的发生和遗传，环境等多种因素有关。抑癌基因的改变方式在华裔人群发生的肿瘤中有所不同，最有代表性的华人肿瘤为鼻咽癌，俗称"广东瘤"。此病在其它地区罕见，在华南等地区高发。早已所知，鼻咽癌病因与遗传有明显的关系，但此肿瘤的易感基因研究滞后于其它常见肿瘤。原因是此病缺少合格的，可供分析应用的遗传性（家族性）肿瘤综合症病例。此外癌原发病灶小，且多为放射治疗，可供手术后研究的肿瘤标本不多等也为主要因素。因此，非特异性的DNA或基因缺失研究常为寻找抑癌基因的主要方法。直到1998年，鼻咽癌抑癌基因的存在和其抑癌功能才得到了证实。研究表明，p53和Rb1基因的DNA突变在此癌中不多见，但p16基因甲基化导致的功能异常颇为常见。后续鼻咽癌抑癌基因的发现，也大多数来源于细胞间的杂交实验和染色体的定位研究。除了p16基因，定位于染色体上3p21.3和其它部位的抑癌基因改变是鼻咽癌发生的主要原因之一。事实上，大多数这些基因并未缺失或突变，仅是甲基化改变而已 。
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