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IEG 的表达影响了神经元的活动，尤其是诸如人类记忆的形成、精神疾病的产生和社会行为的养成等复杂的活动。大脑中存在的超早期基因与许多大脑的生理功能相关，例如通过瞬时激活生长因子或细胞蛋白的表达来调控突触的功能。这些变化理论上被认为是记忆在大脑中存储的方式，并被应用于如记忆痕迹或记忆印迹的概念的表述中。在精神疾病的研究中，与恐惧类记忆形成相关的某些IEG的表达上调，如精神分裂症、恐慌症、创伤后应激障碍

一些 IEG 基因，例如ZNF268和Arc，与学习记忆和长时程潜能有关。

现已证明，不同程度的神经元刺激均可诱导 IEG 表达，范围从普通感官刺激到药物引起的惊厥。因此，IEG 常被用于了解与记忆形成相关的某些神经元群的标记，如恐惧类记忆，这类记忆被认为导致了精神疾病的进展。例如，海马体中表达 Arc 基因的神经元呈现出响应刺激时的形态和行为差异，包括不同的的树突棘形态或自发放电率。这种现象表明某些 IEG 对刺激的响应，会通过桥接被激活的神经元群而导致相关神经回路的扩大。其他的神经特性也会被 IEG 影响，如敲除 Arc 会不利于长期记忆的形成。这些发现提供了 IEG 表达所致分子层面的功能变化的深入了解，扩展了记忆痕迹理论。

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