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即使遭受去活化的作用，Xi上除了Xist基因以外，还是有一些其他基因可以表现。这些维持作用的基因通常是以丛集方式存在，在老鼠体内只占有少量，在人类体内则占有约25%。许多得以在Xi上表现的基因，皆是一些同样表现于Y染色体的基因。这些可表现的区域称作假体染色体区（pseudoautosomal region），其中含有的基因不论是在哪一个性别，皆与体染色体一样两两成对，而不是像一般性染色体基因一样单独存在。

假体染色体区不受一般作用于Xi上的修饰过程，也只有较低量的Xist表现。由于这些区域中的基因可维持两倍表现，因此雌性不会因为Xi的失活而必须进行剂量补偿（dosage compensation）。此外，某些基因可在Xi维持表现的现象，解释了为何X染色体数量异常会造成健康上的缺陷。

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