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人类冠状病毒NL63为正链单股RNA病毒,具有外膜,其基因组长约27000nt,共包含七个开放阅读框,包括冠状病毒皆有的复制酶(1a/1b)和刺突蛋白(S)、膜蛋白(M)、外膜蛋白(E)与衣壳蛋白(N)等四种结构蛋白,以及一个辅助蛋白ORF3。此病毒刺突蛋白的N端有一长179个胺基酸的独特序列,变异性大且不见于其他冠状病毒中,可能与逃逸免疫系统的攻击有关。ORF3则编码一N端具糖基修饰、长225个胺基酸的蛋白质,其序列与一些同属病毒的辅助蛋白相似,可能作为一种结构蛋白组装到病毒中,并可能与病毒出芽离开宿主细胞有关。
冠状病毒均是以刺突蛋白结合宿主细胞表面的受体造成感染,NL63病毒使用的受体与SARS-CoV和SARS-CoV-2同为血管紧张素转化酶2(ACE2),但除刺突蛋白和ACE2的结合外,有实验结果显示NL63病毒的膜蛋白可和宿主细胞表面的糖蛋白硫酸肝素蛋白多糖(HSPG)结合,但仍须有刺突蛋白才能成功感染。
早期有研究指人类冠状病毒NL63与229E病毒序列的相似度为65%,与猪流行性腹泻病毒(PEDV)的相似度为61%,但其膜蛋白(M)基因3端的部分序列与PEDV较为相似,显示NL63病毒演化的早期可能与PEDV病毒在该区域发生了重组。分子钟分析显示NL63病毒与229E病毒在距今约1000年前从共同祖先分支,随后NL63病毒又渐分成两大演化支,但两演化支间又因感染同一宿主而多次发生重组。不过2009年,有研究发现蹄蝠属蝙蝠中的冠状病毒与229E病毒的亲缘关系,比后者与NL63病毒的关系更为接近,两者可能在距今约200多年前才由共同祖先分支;2010年有研究人员在美国Perimyotis subflavus体内发现了一种新型冠状病毒Appalachian Ridge CoV(ARCoV.2),此病毒与人类冠状病毒NL63亲缘关系接近,分子钟分析显示两病毒可能在距今563—822年前由共同祖先分支,NL63病毒并可在三色蝠肺细胞株中复制增殖。这些研究显示NL63病毒与229E病毒可能是分别自不同蝙蝠病毒演化而来。
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