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隐真菌门的生物中唯一有被正式描述过的支序只有原先被认为属于壶菌门的Rozella，亲缘分析显示罗兹菌以及属于LKM11的微生物共同构成了真菌最早分支出去的支序，罗兹菌多寄生于壶菌、藻类或卵菌的细胞中，它们跟壶菌一样具有单鞭毛且缺乏细胞壁的zoospore，可以附著在宿主的细胞表面，再形成管状构造穿透并进入宿主细胞，甚至有某些种类可以吞噬宿主的胞器。

2011年，汤马士·理查（Thomas Richards）带领的研究团队发现了隐真菌门的其他物种，该团队从大学池塘中收集样本以进行DNA序列分析，获得这些新种的DNA序列后将这些序列用萤光标记，并使用萤光原位杂交从池水样本中找到新种隐真菌的细胞，这些细胞大致呈卵型，长约3-5微米。后来他们又进一步在其他淡水、土壤与海水沉积物的样本中发现隐真菌门的物种。

隐真菌与真菌演化另一个早期的分支微孢子虫的关系尚未有定论，但许多研究显示这两群生物的关系相当接近，许多原本认为是微孢子虫特有的基因，例如从宿主细胞质中抢夺ATP的通道蛋白，意外地在隐真菌基因组中被发现，分析结果显示两者与另一种所知甚少的藻类寄生物Aphelids共同形成一支序（ARM群，或被称为Opisthosporidia）。随后有一群以变形虫为宿主的微生物Paramicrosporidium被发现也属于隐真菌，且它们的型态与微孢子虫非常相似，但rDNA序列与隐真菌较为接近，被认为可能是隐真菌与微孢子虫演化上的过渡，在此假说中，微孢子虫是ARM群中较为特化的类群，特化出专门用来感染动物细胞的结构，隐真菌与Aphelids则无此结构。2014年，另一种以变形虫、藻类为宿主的微生物Nucleophaga也因DNA序列分析被归为隐真菌，且型态介于罗兹菌与Paramicrosporidium之间。

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* 父：马全义，终官龙捷军左厢都指挥使、江州防御使、赠镇国军节度使、太师、中书令、尚书令

* 子：马洵美，终官西京作坊使、英州刺史

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