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III型分泌系统（Type III secretion system 缩写TTSS或T3SS）是革兰氏阴性菌的一个由多组分蛋白复合体形成的跨膜通道，它通过分泌蛋白，或把这些毒力蛋白直接注入宿主细胞中发挥致病作用。
在病原性细菌中，针状结构被用作传感探针来检测真核生物体的存在和分泌蛋白以帮助细菌感染它们。分泌的效应蛋白是直接从细菌细胞分泌到真核（宿主）细胞，在那里它们施加了许多效果，可有助于病原体存活和抑制植物免疫反应。
III型分泌系统术语被创造于1993年。这个分泌系统是被从革兰氏阴性菌中发现的至少五个其他分泌系统区别开来。许多细菌拥有一个T3SS和能够把T3SSGene cassette水平转移到其他物种。研究的最多的T3SSs来自志贺氏菌（引起细菌性痢疾），沙门氏菌（伤寒），大肠杆菌（肠道菌群，某些菌株引起食物中毒），弧菌属（胃肠炎和腹泻），伯克霍尔德杆菌（马鼻疽）的种，Yersinia （鼠疫），衣原体（性病），Pseudomonas （感染人类，动物和植物），和植物病原体欧文氏菌属，Ralstonia和黄单胞菌属，以及植物共生根瘤菌。
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