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嗜肺军团菌是一种细胞兼性寄生的细菌，可入侵变形虫，或是人类的巨噬细胞内。该菌的感染力在抗体和血清补体存在下大大提高（但并非绝对需要两者存在）。该菌会因噬菌作用被伪足包裹进入巨噬细胞，之后，菌体被细胞产生的自噬体包裹起来，这却阻止了溶酶体的溶解。在这层保护之下，细菌大量繁殖。该菌利用一种型为IVB的分泌系统分泌的名为Icm/Dot（细胞器运行缺失/细胞内繁殖）宿主入侵效应蛋白。这些效应器可以提升细菌在宿主细胞的存活力。该菌会在培养液里由II型分泌系统产生一种大小约为39kDa的金属蛋白，这种蛋白对某些组织培养的细胞有毒害。II型分泌系统也是完全毒化作用的必需。
1976年，美国宾夕法尼亚州的费城举办了一次退伍军人会议，参加者中超过200人发生肺炎，其中34人罹难。经查明，这次事件的元凶是一种当时尚未发现的细菌——嗜肺军团菌（该病也因此命名为军团病）。这次事件反映了嗜肺军团菌并非小面积的人与人的传染。
2004年，三种类型的嗜肺军团菌的基因序列已被成功测定，这为从分子生物学层次了解嗜肺军团菌及军团菌属铺平道路。对180种嗜肺军团属的DNA序列改变的基因比对检测证实了其基因具有高塑性以及频繁的突变频率。更详细的有关其生活周期的资料是来自于对生活在其自然宿主——卡氏棘阿米巴之中的嗜肺军团菌的基因表达分布的研究。研究发现了嗜肺军团菌的生活周期分为两段，而且深入研究了其可感染、可复制的特性。
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