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Tsix基因同样也会转录出一条无蛋白质产物的RNA分子。Tsix基因是Xist基因的反义序列，也就是说，两者实际上是来自同一段DNA上互补的两股，而他们的产物RNA也因此具有互补性。这使Tsix成为Xist的负向调节因子，使没有表现Tsix的X染色体比较容易被去活化。Tsix在去活化作用发生以前，同样会在每条染色体上微弱表现。当X去活化启动之后，Xi将会中止表现TsixRNA；相较之下，Xa上的Tsix将会继续表现大约几天的时间。
Xi将不会表现其大多数的基因，原因在于Xi成为了受抑制的异染色质，其外围被包覆起来以防止大部分基因的表现，这种过程称为沉默作用（silencing）。包复成异染色质的染色体Xi，比起如Xa般的真染色质具有较高的浓缩程度。失活的X染色体会在细胞核内形成一种构造上不连续的巴尔氏体。这些构造主要分布于细胞核的边缘地带，在细胞周期中将会较晚进行复制。
与Xa相较之下，Xi受到了高度DNA甲基化与组蛋白H3离氨酸-9甲基化；以及低度的组蛋白乙醯化（histone acetylation）与H3离氨酸-4甲基化。这些作用皆与基因沉默作用有关。此外，有一种称为macroH2A的变形组蛋白只会出现在Xi中的核小体，而不会在一般的染色体上。
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