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新美鞭菌门真菌缺乏线粒体。它们通过氢化酶体把NADH氧化为NAD+，释放H2作为产物。

新美鞭菌门真菌在其宿主对纤维的消化中扮演了重要角色。它们在主要摄入高含量纤维食物的动物的消化道中大量存在。由这些厌氧真菌制造的多糖降解酶可以水解许多不易降解的植物聚合物，因此可以将非木质化的植物细胞壁全部降解。这些多糖降解酶形成多蛋白质复合体，类似于细菌的纤维小体。

新美鞭菌门的学名基于新美鞭菌属（Neocallimastix）的学名，后者由古希腊语词根neo-（新）、calli-（美丽）和mastix（鞭）构成。其中，“鞭”指这类真菌具有多数鞭毛。按照分类学界传统，拉丁化的mastix一词在后接后缀时，要转化为mastig-的复合形式。但是，在新美鞭菌科的学名（Neocallimastigaceae）首次发表时，被其作者不正确地拼成了“Neocallimasticaceae”，并进而导致了其他拼写错误（如“Neocallimasticales”等）。这是由于其作者错误地按照其他以-ix结尾的单词（如柳属Salix的复合形式是Salic-，因此杨柳科是Salicaceae）构造了mastix的复合形式。根据《国际藻类、菌物和植物命名法规》（ICN）规则60，这个拼写错误属于可以纠正的类型。纠正后的拼写已为《菌物索引》（Index Fungorum）所采用。然而，这两种拼写现在在文献中或网络上仍然并存，应予注意。

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