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2号线部分长430多米，宽23米，位于车站地下一层，沿汉中路（北侧）、中山东路布置，呈东西向，分为东西两个站厅。东站厅位于中山东路地下，付费区位于车站站厅靠南侧，被非付费区半包围。付费区内设有2组楼梯和一组直梯通往1号线站台，同时设有通道通往地下二层的1号线换乘夹层。进站闸机位于付费区北侧，出站闸机位于付费区东西两侧；非付费区内设有ATM、车站控制室等设备设施，通往22、23、24号口。
2号线西站厅位于汉中路（北侧）地下，付费区位于车站站厅靠南侧，被非付费区半包围。付费区内设有2组楼梯和一组直梯通往1号线站台，同时设有通道通往地下二层的1号线换乘夹层。进站闸机位于付费区北侧，出站闸机位于付费区东西两侧。非付费区内设有警务室、卫生间等设备设施，通往6、20、21号口。
新街口站共设有2个岛式站台，位于车站地下二层和地下三层，分属两条不同的线路。1号线站台位于地下三层，呈南北向布置，为双柱岛式站台，宽14米。1号线站台设有全高屏蔽门，设有3组楼梯通往1号线站厅，1组楼梯通往换乘夹层，北侧设有1组楼梯直接通往2号线站台。
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碱基切除修复（Base excision repair，BER）是细胞修复受损DNA的一种机制，主要用来修补大小较小、对DNA双股螺旋结构影响较小的损伤，包括去胺、被烷基化或氧化的碱基，如8-Oxoguanine（8-oxoG）、7-甲基鸟苷、黄嘌呤与尿嘧啶等。大小较大、影响DNA结构较大的损伤（如紫外线造成的胸腺嘧啶二聚体）则是由核苷酸切除修复（NER）途径修补。细菌、古菌与真核生物皆有碱基切除修复的机制。
BER的过程首先由DNA glycosylase移除损伤的碱基，形成AP位点，随后AP endonuclease将此位点的磷酸二酯键切除，造成DNA单股断裂，接著再由DNA聚合酶合成缺失的碱基（与一般DNA复制的过程一样有DNA夹参与），可能仅合成单一缺失的碱基后由DNA连接酶完成修补（短补丁修复；short-patch BER），也可能合成2-10个核苷酸以取代下游的若干的核苷酸，由Flap endonuclease将旧有的核苷酸切除后，再由DNA连接酶完成修补（长补丁修复；long-patch BER），两途径的选择由DNA损伤种类、细胞周期、细胞分化状态与物种种类等因素决定。
DNA糖基酶的活性可能随老化而下降，使BER途径的效率降低。另外BER途径的缺失与数种癌症有关。
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* 2021年5月31日 上海市城市轨道交通第三期建设规划调整方案公示，二期工程调整为地下线为主
* 2021年12月19日 长兴岛陆域段正式开工建设
* 2022年10月22日 二期开始施工招标，调整为全线地下
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