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α碳也适用在蛋白质及胺基酸上，是指羰基碳之前的主干碳原子，因此一般蛋白质主干上的顺序为氮原子、α碳、羰基碳、氮原子、α碳、羰基碳……等顺序。α碳是不同的取代基加到胺基酸上的位置，也就是说加在α碳原子上的官能基决定胺基酸的特性。因此除了甘氨酸以外，其他所有胺基酸的α碳都为立体中心，而除了甘氨酸外的所有胺基酸都有β碳。
胺基酸的α碳对蛋白质折叠很重要。当描述蛋白质（是一长串的胺基酸），会将胺基酸中α碳的位置视为胺基酸的位置。一般而言，相邻胺基酸的α碳距离约3.8 埃（380 皮米）。
α碳在烯醇及烯醇负离子为基础的羰基化学中很重要。一般来说，烯醇或烯醇负离子的化学变化会让α碳原子成为亲核剂，例如在一级卤代烷烃存在的条件下被烷基化。不过和chlorosilane或是烷基溴硅烷、烷基碘硅烷反应时例外，这时氧原子为亲核剂，最后产生烯醇硅醚。
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