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α型羧酶体又称cso型羧酶体，其中的RuBisCO为IA型，为最早被纯化、研究的细菌微区室。此类羧酶体的直径约为100至160奈米，BMC-H的种类为CsoS1A、B、C等，BMC-P的种类为CsoS4A、B等，BMC-T的种类则为CsoS1D。
β型羧酶体的体积一般大于α型羧酶体，其直径约为200至400奈米，其中的RuBisCO为IB型。此类羧酶体中的蛋白由Ccm基因编码，其BMC-H为CcmK、BMC-P为CcmL，BMC-T则为CcmO，其组装为由内至外，即内部的酵素先组装后，再被外部的结构蛋白包裹。
羧酶体为合成生物学研究所关注，已有研究透过基因转殖成功在大肠杆菌中表现α型羧酶体，也有生物工程研究透过微调羧酶体外壳蛋白而影响其性质。透过基因转殖将羧酶体转入作物的叶绿体中可能可显著提升其固碳作用的效率而增加产量，目前已有相关研究进行中。
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