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李汝祺出身于一个小商人家庭，父亲李恩钺。由于家境困难，他10岁才入小学。1911年考取清华留美预备学校。1919年毕业后，赴美留学，就读于美国普渡大学。1923年获理学学士和农学硕士学位。后进入哥伦比亚大学做研究生，师从遗传学家托马斯·亨特·摩尔根和Calvin Bridges，于1925年获硕士学位。1925年至1926年，继续在摩尔根实验室从事研究工作。1926年，他以在黑腹果蝇发育遗传学方面的出色研究而获博士学位。

1926年，李汝祺回国，应蔡翘教授之聘，在上海复旦大学新成立的生物系任副教授。1927年应聘为燕京大学生物系教授，后兼系主任。在燕京大学，他把摩尔根学派细胞遗传学的理论和方法系统地介绍到中国，培养了一批后来在国际上知名的生物学家和遗传学家。同时创建细胞遗传学实验室，取得不少富有特色的研究成果。1942--1945年，李汝祺在中国大学生物系任教授兼主任，1945年秋进入北京大学医学院解剖科任教。两年后转北京大学理学院动物系任教授兼医预科主任。

1948年，李汝祺为了解国际上将种群遗传学和数理统计结合起来进行研究的最新成就和方法，以客籍教授身份赴英国伦敦大学约翰·伯顿·桑德森·霍尔丹的实验室工作。1949年夏回到北京。此后一直在北京大学的动物系和以后的生物系任教授。

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