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甲拌磷寡肽酶是在氨基酸序列中具有保守序列His-Glu-X-X-His的M3肽酶。这些酶需要硫醇和锌的存在才能发挥其功能。在拟南芥中三种公认的甲拌磷寡肽酶中，只有TOP1和TOP2是参与水杨酸免疫系统反应的TOP酶。它们能够在在6.5至8.5的pH值范围内广泛地发挥作用。TOP酶具有结合并形成二聚体的能力，因此它们可以作为单体和二聚体存在。

TOP1和TOP2被认为是在蛋白质序列中具有93%相似性的同源物。它们的结构有两个域。然而，由于结构域I中螺旋α6、α9和 α20的位置不同，这些结构域在TOP1中比在TOP2中更接近。因此，TOP1具有封闭形式，TOP2则具有开放形式。与TOP1不同，TOP2在其序列中不包含N端富含丝氨酸的区域。根据细胞内的定位，TOP1被认为是一种具有双重定位的细胞器寡肽酶，而TOP2 被命名为细胞溶质寡肽酶。

TOP1在蛋白质输入线粒体和叶绿体期间，将不需要的肽降解。这个功能可以解释为TOP1结构闭合构象的变化。由结构域I和II生成的球形代表体积约为3000 Å3的催化腔。在肽降解过程中，只有当两个结构域分开时才能发生底物结合，从而允许游离靶向肽进入并结合到空腔（活性位点）。酶底物复合物由几种非共价作用力维持：疏水和极性相互作用。该过程受到肽的大小的限制。因此，只有体积大致相同（约3,000 Å3）的肽才能被酶降解。可被切割的肽为8至23个氨基酸残基。

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