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β亚基也含有多个磷酸化位点（2, 13, 67, 218位上的氨基酸残基）。它的N端结构域还含有3个赖氨酸聚集的区域，是与eIF5结合的重要位点。C端结构域含有eIF2B的结合区和一个预测的锌指花样区，其中锌指花样参与了TC和43S前起始复合物的形成。它还含有两个保守的鸟苷酸结合区，但不参与eIF2的活性的调控。β亚基还被认为能够结合tRNA和mRNA。
γ亚基含有属于GTP酶，其作用是结合GTP和Met-tRNAi，并在eIF5的激活下，将eIF2结合的GTP水解为GDP。它含有三个保守的鸟苷酸结合区，是GTP/GDP的主要结合位点。它还含有一个tRNA结合凹槽和Zn2+离子结合位点。
通过α亚基Ser51磷酸化对翻译起始的调控途径.
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