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中华菊头蝠为社会性动物,一般栖息于洞窟中,其群体可能由数只至数百只蝙蝠组成,繁殖季时怀孕、哺乳中的雌蝠会组成Maternity colony。Sinospelaeobdella的山蛭在洞窟中吸取中华菊头蝠等数种蝙蝠的血为食。
2005年香港大学的研究人员就在中华菊头蝠身上发现与SARS-CoV相似的病毒株(SARSr-CoV)HKU3,2013年又有WIV1和SHC014两个SARSr-CoV病毒株在中华菊头蝠样本中发现,香港大学医学院传染病学教授袁国勇称,SARS病毒的天然宿主为中华菊头蝠,而果子狸只是SARS病毒(果子狸SARS冠状病毒)的中间宿主。2015年美国北卡罗来纳州大学的拉尔夫·S·巴里克与武汉病毒研究所的石正丽实验室合作,以重组病毒实验发现SHC014病毒有感染人类的潜力,研究人员指新病毒致病性高,不过是否会像SARS般人传人仍需更多研究阐明。2016年,石正丽实验室在云南的中华菊头蝠中发现另一SARSr-CoV病毒株WIV16,全基因组序列与SARS-CoV的相似度为96%。
2018年4月,石正丽实验室发表了提出感染猪只的新型冠状病毒猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV),可能源自感染中华菊头蝠的菊头蝠冠状病毒HKU2。
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