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植物研究所以整合植物生物学为学科定位,以植物对环境适应的生物学基础为主要研究方向,以绿色高效农业和生态环境的国家需求为重要研究领域,重点在植物系统发育重建和进化、陆地植被/生态系统与全球变化、资源植物分子与发育生物学、植物信号转导与代谢组学、生物多样性保育与可持续利用等方面开展系统的研究。
1950年,由静生生物调查所(1928年建立)植物部和北平研究院植物研究所(1929年建立)合并为中国科学院植物分类研究所,1953年改名为中国科学院植物研究所。植物所老所址基本上延续的是北平研究院植物研究所的所址(今位于北京市西城区西直门外大街141号),包括来远楼(今动物园西北角)和“黄房”(今动物园长颈鹿馆西)及陆谟克堂,现原址仍保存有西城区文物保护单位-陆谟克堂(为纪念生物学家拉马克所建,位于北京动物园内),对面为中国科学院古脊椎动物与古人类研究所。自80年代开始,植物所办公和科研逐渐迁往位于海淀区香山附近的植物园,1995年完全搬迁至现所址。
2013年,陆谟克堂及西外大街137号院整体移交给古脊椎所,不再隶属于植物所管理。移交后,古脊椎所将陆谟克堂修缮改建,成为该所的所史馆。
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