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目前的假说认为,体染色体上有某个基因会制造出「阻碍因子」(blocking factor)来与X染色体结合,进而防止此染色体失去活性。而且阻碍因子能力有限,当此因子与某个X染色体结合之后,剩下其他的染色体将不受保护。由于含有多条X染色体的细胞中只会有一条Xa;而且在体染色体数目为正常状况两倍的细胞中,也将会有两条保留活性的X染色体。使得上述模型获得支持。
X染色体上存在一种称为X去活化中心(X inactivation center,XIC)的序列,可调控X染色体的沉默化,是阻碍因子可能的结合位置。这些XIC序列是造成X染色体去活化的充要条件。当X染色体上含有XIC的部位与体染色体发生染色体易位时,将造成体染色体的去活化,同时失去XIC的X染色体将保留活性。XIC序列上含有两个非转译RNA基因,分别是Xist与Tsix,此两者参与了去活化作用。此外,XIC上含有一些结合位置,分别可供一些已知和未知调控蛋白(regulatory protein)结合。
Xist基因会转录出RNA分子,且此RNA将不会转译成蛋白质,Xist是X去活化的主要影响因子,失活的X染色体外围会被XistRNA包覆,而Xa则没有这种现象。Xist是唯一会由Xi表现的基因,缺乏Xist基因的X染色体将无法去活化。而若以人工方式将Xist基因表现于其他染色体,将导致此染色体的沉默化。
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